日本全国の藻場と干潟の調査
〜干潟調査方法〜
現場の地形、面積、環境から判断して、1つの干潟について2〜3ラインを岸から汀線に向けて取り、各ライン上に2〜3ポイントの調査点を取った。ライン、ポイントは地図上に記入し、GPSにて緯度経度を測定した。ライン名はアルファベットで表記し、内湾干潟の場合には湾口部（外側）から湾奥部に向かってA、B、Cと取った（図1）。また河口干潟の場合は、河口部（海側）から河上流に向かってA、B、Cと取った。いずれの場合も2ラインしか取らない場合はA、Bのみとなる。ライン上のポイントは数字で表記し、潮間帯の上部から下部に向かって、1、2、3と取った。ライン上に2ポイントしか取らない場合は、1、2となる。ヨシ原やマングローブなどの植生内のポイント名は「植生」とし、主な構成植物を記録した。
ライン単位で写真を撮影し、その他底質や生物についても調査者の任意で撮影した。植生の写真も撮影した。
調査ポイントの面積は5m×5mを目安としたが、地形によっては正方形でない場合もある。調査者は最初の5分間、調査ポイントの底質表面で見られる底生動物の種と個体数の多寡（後述）、干潟表面の植生や底質の状況を記録した。また干潟の地形（感潮クリークやタイドプールの有無など）についても記録した。
次いで、調査者2名が10分間、統一規格のスコップ（金象印根堀、スコップ部の幅14cm）を用い、約20cmの深さまで底質を掘り返し、目視で発見できた底生動物を採集した。現場で同定できる種については、種名と個体数の多寡を記録してから放逐した。個体数の多寡は各種について、
A（多）：スコップで1回掘り返した中に1個体以上出現する。
C（普通）：全掘り返し回数の中で2個体以上出現するが、Aよりも少ない。
R（少）：全掘り返し回数の中で1個体のみ出現する。
と定めた。